Il complesso monumentale che ospita il museo è costruito sulle strutture del teatro romano e ne riutilizza in parte materiali e murature. L’esposizione documenta il processo di formazione del centro urbano di Spoleto, fino alla fase municipale, e i suoi rapporti con il territorio circostante.
Attraverso reperti provenienti anche dalle ricerche più recenti sono documentate le prime attestazioni della presenza umana nell’area della rocca e del centro storico, risalenti all’età del bronzo, e lo sviluppo dell’insediamento nella fase umbra, testimoniato soprattutto dai ricchi corredi di VII-VI sec. a.C. della necropoli di Piazza d’Armi. La storia della città prosegue con i reperti riconducibili alla fase della colonia latina, fondata nel 241 a.C.: iscrizioni di dedica alle divinità, ex voto e terrecotte architettoniche dai santuari, testimonianze delle botteghe di produzione ceramica. La strutturazione della colonia nel territorio è documentata soprattutto dai due cippi che riportano la “lex luci spoletina”, in latino arcaico, la quale stabilisce sanzioni contro eventuali profanazioni del bosco consacrato a Giove. Iscrizioni monumentali, frammenti di statue onorarie di grandi dimensioni, intonaci decorati e frammenti di mosaico illustrano la fase municipale e quella imperiale della città, forse la più importante dell’Umbria romana.
Al secondo piano del Museo sono esposti reperti provenienti dalla Valnerina, un territorio che fu sempre in stretto rapporto con Spoleto. Si segnalano in particolare i cinerari dell’età del bronzo finale dalla necropoli di Monteleone di Spoleto, i reperti dai santuari di Monteleone di Spoleto e di Montefranco, i corredi funebri dalla necropoli ellenistica e romana di Norcia. Provengono dal medesimo territorio anche molti dei reperti della collezione Canzio Sapori, recentemente donata allo Stato. Tra di essi si segnalano un cinerario ad impasto con decorazione geometrica da Ponte di Cerreto e un notevole ritratto maschile tardorepubblicano da Ferentillo.
Di recente allestimento anche una sezione con gli straordinari reperti di VII sec. a.C., provenienti dalla necropoli di Piazza d’Armi e rinvenuti tra il 2008 e il 2011.
Nella sezione dedicata all’illustrazione del teatro romano sono esposte le sculture decorative rinvenute nel monumento durante gli scavi degli anni Cinquanta del Novecento, tra cui un notevole ritratto di Augusto e Giulio Cesare.
Il teatro, che è parte integrante della visita del museo, è databile al I sec. a.C. e in parte venne incorporato in edifici posteriori, subendo un parziale smantellamento in epoca medievale. Sistematici interventi di restauro, iniziati negli anni Cinquanta, hanno permesso il recupero dell’intero complesso ripristinando le gradinate. Il piano inferiore è comunque ben conservato, con l’ambulacro ancora percorribile. Durante le manifestazioni connesse al Festival dei Due Mondi, il teatro è utilizzato per gli spettacoli.